Da die Airline nach ihrer Gründung vom Bundesverkehrsministerium keine Genehmigung für innerdeutsche Linienflüge bekam, einigte man sich auf eine Zusammenarbeit mit der Deutschen Lufthansa AG. 1992 erhielt Germania nach dem Wechsel des Firmensitzes nach Berlin-Tegel den Zuschlag als Beamten-Shuttle zwischen Berlin und Köln/Bonn. 2001 erfolgte schließlich der erste innerdeutsche Linienflug zwischen Berlin-Tegel und Frankfurt am Main.
Die Flotte der Airline besteht aus 25 Flugzeugen, darunter acht Airbus A319-100, vier Airbus A321-200 und zehn Boeing 737-700. Der Flugplan bietet viele Destinationen in Europa, der Mittelmeerregion, Nordafrika und Westasien. Manche Destinationen werden nur saisonal bedient. Viele Ziele werden direkt vom Flughafen Dresden aus angeflogen.