Für die meisten Reisenden beginnen die Ferien am örtlichen Airport. Dieser befindet sich etwa 4 Kilometer außerhalb der Stadt Mykonos. Nachdem in den 1960er Jahren die griechische Insel für die Hippie-Bewegung an Bedeutung gewann, wurde 1971 der neue Flughafen in Betrieb genommen. Heute starten und landen am Flughafen Mykonos (IATA-Code: JMK) zahlreiche Airlines. Dazu zählen internationale Fluggesellschaften wie Eurowings, British Airways, easyJet oder Edelweiss Air. Auch die griechischen Anbieter Aegean Airlines und Olympic Air bieten hier ihre Flüge an. Insbesondere in den Sommermonaten bringen die Fluggesellschaften viele Passagiere zum Urlaub in die Ägäis-Region. Vor allem zwischen Athen und Mykonos bestehen regelmäßige Verbindungen.
Im Terminalgebäude vom Flughafen Mykonos gibt es einen Duty-free-Shop. Dort erhalten Fluggäste Beautyprodukte, Spirituosen sowie Reisezubehör, Souvenirs und Geschenkartikel. In der Cafeteria werden leckere Snacks und kleinere Mahlzeiten serviert. An der Touristeninformation können sich ankommende Reisende über Sehenswürdigkeiten, Hotels, Restaurants und Einkaufsmöglichkeiten informieren. Am Flughafen stehen Taxis und Busverbindungen zur Verfügung. Darüber hinaus gibt es einen großen Parkplatz für Kurz- und Langzeitparker. Auch Mietwagen-Firmen sind am Airport von Mykonos ansässig.