Bei Gründung hielt Albrecht Knauf 98,2 Prozent von Eurowings in seinem Besitz. Die Deutsche Lufthansa AG erwarb 2001 24,9 Prozent der Anteile. Die Beteiligung wurde 2004 auf 49 Prozent aufgestockt. Danach folgte eine Stimmbindungsvereinbarung. Nach dieser wurden der Deutschen Lufthansa weitere 1,0001 Prozent zugerechnet, womit nicht nur die einfache Mehrheit der Aktien, sondern auch die wirtschaftliche Kontrolle an Lufthansa übergingen. 2001 übernahm dann Lufthansa die restlichen Anteile.
2016 kam es vermehrt zu Verspätungen und Ausfällen von Flügen, weshalb die Fluglinie in die Schlagzeilen geriet. Betroffen waren vor allem Flüge auf der Langstrecke. Der Sitz der Fluglinie ist in Düsseldorf, der internationale IATA-Code lautet EW. Ab Köln-Bonn fliegt Eurowings auch nach Tirana in Albanien, wo die Flüge am Terminal 1 abgefertigt werden.