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von Eric Salard (D-ABLB) [CC BY-SA 2.0], via Wikimedia Commons
Da Germania zunächst für innerdeutsche Flüge vom Bundesverkehrsministerium keine Genehmigung erhielt, kooperierte die Airline anfangs mit der Deutschen Lufthansa AG. Erst nach erfolgtem Umzug nach Berlin erhielt die Airline 1992 eine innerdeutsche Fluglizenz mit dem Ziel, als Shuttle Regierungsbeamte zwischen Berlin und Köln zu transportieren. Der erste innerdeutsche Flug der Fluglinie erfolgte 2001 zwischen Berlin-Tegel und Frankfurt am Main.
Die Flotte besteht aus 22 Flugzeugen, darunter Airbus A319-100, Airbus A320neo, Airbus A321-200 und Boeing 737-700. Germania betreibt in Zusammenarbeit mit Reiseveranstalter Charterflüge und ein eigenständiges Liniennetz. Zu Streckennetz zählt der Airport von Fuerteventura auf den Kanaren. Für die Weiterfahrt stehen Linienbusse, Mietwagen und Taxis zur Auswahl.