Vorrangiges Ziel der Gründung war der Charterflug für Reiseveranstalter. Ab 2001 wurden neben den Charterflügen auch Linienflüge angeboten. Zunächst wurde der Linienbetrieb nur zwischen Destinationen innerhalb der Türkei aufgenommen. Danach wurde der Linienbetrieb um Flüge in die Türkei erweitert.
Seit 2011 besteht mit der Airline SunExpress Deutschland ein eigenständiges Flugunternehmen. Sitz und Heimatflughafen sind in Frankfurt am Main. Die deutsche Gesellschaft bietet Flüge zu verschiedenen europäischen Städten an. Zu den Destinationen zählt auch Fuerteventura auf den Kanaren.
Die Flotte der türkischen Gesellschaft besteht aus 52 Boeing B737-800, die der deutschen Gesellschaft aus zwölf Boeing B737-800 und sechs Airbus A330-200. Auftritt und Vermarktung der beiden SunExpress Airlines erfolgen einheitlich. Beide Gesellschaften bieten für Reiseveranstalter Charter- und Linienflüge an.