Mittlerweile hat sich Aegean mit Air Greece zusammengeschlossen und ist 2005 eine Partnerschaft mit der deutschen Fluggesellschaft Lufthansa eingegangen, auch ist sie Mitglied der Star Alliance. Außerdem wurden die Unternehmen Olympic und Cronus Airlines von Aegean Airlines übernommen.
Im Moment besteht die Flotte der Fluggesellschaft aus 46 Maschinen, darunter 37-mal das Modell Airbus A320-200 mit 174 Sitzplätzen. Abflüge und Ankünfte am Flughafen Korfu werden im Terminal 1 abgewickelt, unter anderem handelt es sich dabei um Flüge in deutsche Städte wie München (MUC), Frankfurt/Main (FRA), Düsseldorf (DUS) und Stuttgart (STR).