Auch das größte Luftverkehrsunternehmen Europas zählt zu den am Flughafen Krakau-Balice ansässigen Fluglinien. Die Deutsche Lufthansa befördert im europäischen Luftverkehr die meisten Passagiere und hat natürlich auch einen Stammsitz am zweitgrößten Flughafens Polens. Direkt am Terminal 1 des Airports befindet sich der Schalter der Airline.
Die offizielle Unternehmensgeschichte begann bereits im Jahr 1926, die kurzfristig mit der Auflösung nach den Kriegsjahren im Jahr 1945 unterbrochen wurden und im Jahr 1953 wieder aufgenommen wurde. Der Firmensitz befindet sich in Köln und als die aktuell heimischen Drehkreuze werden die Flughäfen Frankfurt sowie München bezeichnet.
Die Flugzeugflotte umfasst über 280 Maschinen, die für einen weltweiten reibungslosen Flugablauf sorgen. Hauptbestandteil der Flotte bilden die Maschinen des europäischen Flugzeugbauers Airbus, vom Typ A 319 bis hin zum A 380 wird jeder Flugzeugtyp eingesetzt. Natürlich verfügt die Lufthansa, die internationale Abkürzung lautet LH, auch zusätzlich über Maschinen aus dem Hause Boing, Bombardier, Embraer und Mc Donald Douglas. Die Lufthansa ist einer der wichtigsten Kooperationspartner und Fluglinie am Flughafen in Krakau-Balice.