Hervorgegangen ist das Unternehmen aus der Norddeutschen Lloyd, der Hamburg-Amerika-Line, der Deutschen Lufthansa AG und der Deutschen Bundesbahn. Zweck war es, dem noch jungen Tourismus Urlaubsflüge bereitzustellen. 1956 erfolgte die Aufnahme des Flugbetriebs. Zu den ersten Urlaubsdestinationen zählten die Urlaubsinseln Mallorca und die Kanaren. Der erste Flug der Airline führte ins Heilige Land.
2007 wurde Condor von Thomas Cook übernommen. Um auf dem Markt einen einheitlichen Auftritt zu gewährleisten, wurden die Flugzeuge beider Fluggesellschaften in den Farben grau-weiß-gelb bemalt. Die Flotte umfasst 42 Flugzeuge der Flugzeughersteller Airbus und Boeing.
Der Flugdienst bietet Destinationen auf der Kurz- Mittel- und Langstrecke an. Zu den wichtigen Destinationen der Langstrecke zählt Thailand, wo unter anderem der Flughafen Phuket angeflogen wird.