Als „Deutsche Flugdienst GmbH“ wurde das Unternehmen im Dezember 1955 ins Leben gerufen. Seit November 1961 firmierte es unter dem Namen „Condor Flugdienst GmbH“. Bereits im März 1956 nahm die Fluggesellschaft ihren Flugbetrieb auf. Zum Streckennetz gehörten vor allem touristische Ziele wie Mallorca oder Teneriffa. Aber auch Pilgerflüge ins Heilige Land wurden angeboten. 1967 wurden erste Langstreckenflüge nach Bangkok, Santo Domingo, Colombo und Nairobi in den Flugplan aufgenommen. Seit 1997 gehört die Airline zur Thomas Cook AG.
Bestand die Flotte anfangs aus 4 britischen Propellerflugzeugen des Typs Vickers Viking, fliegt Condor heute mit 59 Maschinen der Typen Airbus und Boeing. Zum Streckennetz der Fluggesellschaft gehören heute Ziele in Europa, Asien und Amerika. Aber auch Ziele in Afrika wie Kapstadt (Südafrika), Harare (Simbabwe) und Windhoek (Namibia) werden angeflogen. Am Flughafen Windhoek werden DE-Passagiere am Terminal 1 abgefertigt.